Predominan los matorrales desérticos que se encuentran distribuidos desde las llanuras y desiertos del noreste (dunas de Samalayuca). Le siguen los bosques de coníferas y encinos que se desarrollan en la Sierra Madre Occidental, además de los pastizales en las mesetas centrales. También existen áreas naturales protegidas de conservación de flora y fauna silvestre y de reserva forestal. La agricultura se practica en los valles y ocupa 8% de la superficie del estado.
Lobo mexicano, carpita de Chihuahua, rana, lagarto alicante, perrito de las praderas y nutria de río. En los matorrales: zorra del desierto, víbora de cascabel, tortuga del desierto y rata canguro. En los bosques de coníferas y encinos: rata y ardilla de tierra y voladora, murciélago, musaraña desértica y de montaña y tecolote. En los pastizales: zorrillo, borrego cimarrón y puma. Animales en peligro de extinción: ratón de campo, oso negro, musaraña de Arizona, cotorra serrana occidental, bisonte americano y coyote.
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